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但是，這種聯合療法會為病人帶來不同的副作用，例如發燒、感冒症狀、注射位置反應、憂鬱及骨髓抑制等等。大約有7至12%的病人因副作用而需要停藥，另外有11至42%的病人則需要減低劑量，最終導致依從性下降，影響治療成效。香港中文大學肝臟護理中心於2002至2005年期間帶領香港、新加坡及中國內地共16個中心共同進行一次隨機性的第三期研究，測試干擾素beta-1a及其與利巴韋林的聯合療法對亞洲慢性丙型肝炎患者的治療效果。 研究招募了二百五十七名亞裔慢性丙型肝炎病人，以一比一的比例隨機分為兩組，分別注射干擾素beta-1a或安慰劑，進行十二周的雙盲研究。在第十二周，注射干擾素beta-1a的病人會多接受十二周的干擾素beta-1a治療，而使用安慰劑的病人則會接受二十四周的干擾素beta-1a及利巴韋林聯合療法。 在研究的第十二周發現，干擾素beta-1a比安慰劑有更強的病毒抑制作用。在完成24周治療及完成治療六個月後發現，干擾素beta-1a及利巴韋林的聯合療法則比干擾素beta-1a的單一療法有更強的病毒抑制作用（見表）。接受聯合治療的基因一型病人有46%能清除病毒，而接受干擾素beta-1a的則只有22%。大部份病人出現副作用的程度均為輕微至中度，有2.3%接受干擾素beta-1a的病人分別因為出現注射位置反應、發燒、關節痛等副作用而需要終止治療。5.5%接受聯合治療的病人則因貧血及血紅素下降而需要減低利巴韋林的劑量。
總括而言，比較聚乙二醇干擾素，干擾素beta-1a能達至相約的病毒清除效果，但就為病人帶來更小的副作用和減低停藥的機會。香港中文大學肝臟護理中心建議亞裔慢性丙型肝炎病人，除了現時使用的聚乙二醇干擾素外，也可考慮使用干擾素beta-1a及利巴韋林聯合療法作為另一選擇。此聯合治療可為基因一型的丙型肝炎病人提供較短的療程及更佳的依從性，從而提升治療效果。
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