崇基學院神學院有兩大特色：其一，它是由不同宗派教會支持的教牧訓練機構；其二，它是設於大學學術環境裡的神學教育單位。因此，崇基學院神學院所肩負的一大任務，是促成「神學理論」與「教牧實踐」之結合。有見及此，在一九八一年舉行之神學教育諮詢會中，眾教會領袖深覺崇基學院神學院(前身為神學組)與教會極需共同合作，遂建議設立「教牧事工中心」，以加強神學生牧養訓練及開拓牧者進修機會。神學校董會於一九八三年原則上接納此建議，並在中華基督教會香港區會支持下於一九八四年先行成立「教牧事工部」，對此事工作試驗性之開展。感謝神，教牧事工部在過往十多年，已獲得一定之成績。一九九八年七月之神學校董會通過聘請一位具神學高級學位及社會工作督導經驗之人士擔任「實踐教育主任」一職，以進一步加強學生在神學理論與實踐方面的結合。該職位獲世界傳道會／那打素基金及陳敬儀女士紀念基金資助得以設立，長期則需倚賴教會及各界人士捐款支持，使教牧事工部可進一步發展。此外，又得蒙世界傳道會／那打素基金之資助，本部於二○○○年開始推行「使命實踐支援計劃」，並聘請了一位具神學高級學位及新聞與傳播學學位之同工擔任主任一職。此計劃發揮「教會智囊團」的角色，以協助香港教會在日益複雜和充滿挑戰的社會處境中能更有力地實踐使命。
因教牧事工部發展迅速，遂於二○○六年八月起增聘一位教牧事工部副主任，以協助全力發展教牧事工、統籌與重整現有事工、加強本地牧者之支援系統(於二○○七年開始推行「牧者菁英支援計劃」)，以提供牧者持續的靈命塑造、指導與訓練，並進一步鞏固神學院與教會之關係。
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