就读于崇基学院神学院的大部份同学，皆获所属宗派或堂会财政支持；攻读香港中文大学学位之同学除可申请政府贷款外，哲学硕士及哲学博士之研究生更可申请担任研究助理之工作；另崇基学院神学院亦获得中华基督教会香港区会、崇真会救恩堂、美京中华基督教会、圣公会圣多马堂、圣十架堂、多位校友及支持崇基学院神学院之主内同道捐出奖助学金多项，除部份用作资助经济上有困难之同学外，亦用作奖励同学在牧养、事奉、服务、教会合一、群体生活、课外活动、学业灵命等各方面有突出表现之同学，亦有特别资助同学往北美实习及鼓励女同学接受牧职之奖学金，其中包括：
| 名称 |
资格 |
| 最具牧者心肠之神学生奖学金 |
男女各一名，获同学选为最具牧者心肠者 |
| 香港华人基督教联会神学奖学金 |
攻读全时间制神学课程，修业满一年或以上，获崇基学院神学院教员会推荐者 |
| 汪彼得牧师纪念奖学金 |
品学兼优 |
| 杰出神学生奖 |
学业及灵命、承担及投入方面均有杰出表现之学生 |
| 胡权氏神学教育专款 |
资助准备在内地事奉之内地学生到本院攻读硕士或以上课程 |
美京中华基督教会李仁淑及
李梁银桂纪念基金 |
品学兼优而毕业后愿意在香港或内地担任牧职 |
| 教会合一奖学金 |
给予在教会合一、信徒合一事奉上有积极表现，或对教会合一有特殊负担的一位同学 |
| 崇真会救恩堂奖学金 |
奖予一位在教牧科表现之优异的同学 |
| 好学不倦精神奖学金 |
奖予攻读第一个神学学位之学士或硕士学位者，而该生毕业时年龄超过四十岁（以神学日为准） |
| 梁若璋奖学金 |
努力学习，积极参与群体生活及其他课外活动 |
| 关顾邻舍奖学金 |
在课余时间，愿为崇基学院神学院服务及贡献，有良好表现者，成绩平均积点不低于2.5 |
| 黄羡云牧师纪念奖学金 |
品学兼优并有志接受牧职之女同学 |
| 纪念沈宣仁教授最佳论文奖 |
颁予本年度一位毕业论文成绩最佳之同学 |
| 文化及宗教研究系优异生奖学金 |
颁予文化及宗教研究系一或数名过去数年成绩最优异而品行良好之结业同学 |
| 五旬节圣洁会香港总监督奖学金 |
一位愿意在毕业后全职事奉而在学业及参予群体生活方面有良好表现之同学，财政上有需要者优先考虑 |
| 黄德荣牧师纪念奖学金 |
奖予具敬虔与爱心，并于日常讲道及教会事奉有优良表现的神学生 |
| 洪德身神学教育奖学金 |
颁予一至两位神学生，愿于毕业后作传道委身事奉 |
| 自强不息奖学金 |
一位学习认真并积极投入校园生活，有经济需要者而非宗派教会支持之神学生 |
黄宣平纪念奖学金
|
一位对崇基学院及崇基学院神学院之活动，积极参与并有经济需要，有志于毕业后而从事神职工作者 |
| 宏恩助学金 |
学业成绩良好，平均积点不低于2.7而财政有缺欠之神学生，得奖者需于毕业后全职事奉不少于两年 |
| 龚约翰庞万伦奖学金 |
奖予非一年级或毕业班而学业成绩优异、具领袖才能及有发展潜质之本科生，该名学生并有机会获续发奖学金一年。须由老师提名，然后再经崇基学院之委员会面试后选出 |
| 中华基督教会长洲堂助学金 |
一位有经济需要的同学，但成绩平均积点需达2.5或以上 |
| 中华基督教会长洲堂奖学金 |
一位在学业、灵命及牧会心志上均表现优异的同学 |
| 李文斌纪念奖学金 |
一至两位在攻读院牧课程取得优异成绩，并愿意毕业后参与院牧或教牧事奉者 |
| 心灵修养三合一奖学金 |
颁予一位至三位神学生，分别为「最具创意」、「最具诚意」、「最具善意」之神学生，此三项奖学金可由一位同学独得 |
| 纪念周郁晞牧师最佳论文 |
一位毕业论文（范围：系统神学／基督教教育）成绩最佳者 |
李贞明牧师纪念奖学金
（前称神学生暑期教育奖学金） |
在北美暑期实习之旅费津贴 |
| 崇真会周美珍纪念奖学金 |
颁予在中国基督教及相关科目表现出色之学生 |
| 陈郑洁云女士神学教育奖学金 |
资助于本院就读长期及短期课程之学生，及参加本院举办之学术会议之学者 |
| 潘仁智纪念奖学金 |
成绩优异而又有志服侍弱势社群或关心瘾好者事工的神学生 |
| 王生巧云纪念奖学金 |
奖予一位圣经科表现优异同学 |
| 卢颜志钧纪念奖学金 |
奖予一位内地同学，在品格、学业、事奉心志及参与神学院生活皆有良好表现者 |
| 陈彩恩最具牧者心肠奖学金 |
女神学生一名，毕业后必须于本地或内地事奉 |
| 刘义信姊妹纪念奖助学金 |
奖予一位毕业后委身海外宣教学生和一位宣教科目成续优异学生 |
| 陈蜀蓉、时芳父女奖学金 |
奖予一位有经济需要的自费学生，此学生须有音乐恩赐并以此恩赐服务本院 |